Seit Gründung arbeitet C.I.S.T. daran, Forschungsverbundvorhaben zu entwickeln. Aktuell befinden sich bereits mehrere unterschiedliche Forschungs- und Entwicklungsprojekte in der Antragsphase, haben die erste Antragsstufe passiert oder sind in der Ideenentwicklung. Inhaltlich befassen sich die Projekte mit Fragen aus den Bereichen Digitalisierung, Sicherheit, Energie, Ressourcenschutz, klimaschonende Mobilität, Klimaanpassung, Weltkulturerbe, Digitalisierung, Wasser, maritime Forschung und Destination der Zukunft.

Die thematische Verortung von Projekten findet in Wissensclustern- oder Innovationsclustern statt, die von unterschiedlichen Mitgliedsinstitutionen jeweils federführend koordiniert werden.